Zazwyczaj w jednostkach wewnętrznych klimatyzatora jest kilka filtrów, których budowę i działanie określa producent. Filtr wstępny usuwa przede wszystkim większe cząstki kurzu, np. z materiałów dekoracyjnych i użytkowych, takich jak zasłony, narzuty, dywany pościel. Kolejne są dobierane w zależności od rodzaju zanieczyszczeń. Zestaw może obejmować do 4 filtrów.

Każdy producent opracowuje własne konstrukcje filtrów, których budowa i stopień zaawansowania wpływają na cenę urządzenia. Należy pamiętać o ich wymianie i okresowemu czyszczeniu, aby zachować skuteczność działania. Nawet najlepsze filtry należy wymieniać. Jest to spowodowane tym, że podczas cyrkulacji powietrza w urządzeniu wszelkie zanieczyszczenia osadzają się na powłoce filtra, co zmniejsza wydajność urządzenia i sprawia, że zwiększa się pobór energii. Zagrożeniem są także bakterie, których rozwój ułatwia zanieczyszczony filtr. Niektóre modele klimatyzatorów z wyświetlaczem same informują o konieczności wymiany filtra. W innych przypadkach należy postępować według instrukcji producenta. Na rynku dostępne są klimatyzatory z funkcją automatycznego czyszczenia filtra. Automatyczne czyszczenie całego filtra zajmuje około dwóch minut. Dzięki tej funkcji oszczędność energii utrzymuje się na poziomie 25 proc. w skali roku. W zastosowaniach profesjonalnych do dużych obiektów stosuje się następujące rodzaje filtrów określone w zbiorze polskich norm (PN) wprowadzonych przez Polski Komitet Normalizacyjny wraz z przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej:

• filtry wstępne,
• dokładne,
• filtry HEPA,
• filtry aerozoli koloidalnych o średniej i dużej skuteczności,
• filtry ULPA, filtry aerozoli koloidalnych o bardzo dużej skuteczności.

 Podstawowe parametry określające filtr to:

• skuteczność filtracji,
• opór przepływu,
• pojemność pyłowa.

Do wyposażenia standardowego kilmatyzatora przypodłogowego Mitsubishi MFZ-KJ należy filtr z enzymem antyalergicznym o dużym stopniu filtracji. Filtr przechwytuje nawet najmniejsze cząstki o rozmiarze 0,01 mikrometrów; oprócz tego filtry są powleczone enzymem, który unieszkodliwia alergeny.